Chợ được quản lý và kinh doanh bởi một Công ty chứ không phải là Ban Quản Lý chợ theo truyền thống.

Công ty TNHH Quản Lý & Kinh Doanh Chợ Nông sản Thủ Đức được UBND TP.HCM giao nhiệm vụ quản lý và kinh doanh Chợ Đầu Mối Nông Sản Thực Phẩm Thủ Đức.

Công ty TNHH QL & KD Chợ Nông Sản Thủ Đức có trụ sở nằm ngay khu hành chánh của chợ với tổng số vốn là 3 tỷ đồng, được thành lập ngày 08/01/2003 theo chỉ đạo của UBND thành phố. Đây là một công ty kinh doanh chuyên nghiệp với những ưu điểm sau đây:

* Là công ty được thành phố chính thức giao nhiệm vụ quản lý và kinh doanh chợ đầu mối nông sản Thủ Đức.

* Là công ty hạch toán độc lập, nhận vốn từ Công ty Cổ phần Phát triển nhà Thủ Đức.

* Phục vụ theo phương châm tạo mọi điều kiện để thương nhân hoạt động tốt nhất, mua bán đúng giá thị trường, hoạt động đúng luật pháp.

* Công ty TNHH Quản lý và Kinh doanh chợ nông sản Thủ Đức là đầu mối kết nối thương nhân với các ngành quản lý và dịch vụ.

Với đội ngũ hơn 400 cán bộ CNV phục vụ chuyên nghiệp, tận tình đã góp phần xây dựng Chợ Đầu Mối Thủ Đức trở thành nơi kinh doanh mua bán văn minh, lịch sự, môi trường trong lành:

* Nhân viên văn phòng: Với các tổ Kinh Doanh, Tài Vụ quản lý việc cho thuê, thu phí chợ.